از مهم‌ترین مشکلات سیستم‌های عامل غیراصلی ناپایداری سیستم‌ها، کاهش سرعت، نبود امنیت کافی، نبود پشتیبانی تولید‌کننده و هزینه‌های نگه‌داری(Maintenance) بالاست. این مشکلات در مقیاس سازمان‌ها و شرکت‌ها می‌تواند هزینه‌ای بیش‌تر از تهیه نسخه اصلی را به مجموعه تحمیل کند.